1、品种不同：花椒属于芸香目芸香科下的花椒属植物，其果实呈圆形，绿豆大小，全株可做入药，可食用，胡椒属胡椒目，胡椒科、胡椒属木质攀援藤本，果实为圆形的浆果，可食部仅仅为浆果。2、外形不同：花椒虽说全株可食用，但是常用的是其果实的外皮，生时为青色，一柄多籽，成熟后为红色，籽黑色。胡椒的食用部仅仅是其浆果，可食部为期浆果的种子，生时为青色，成熟后取其籽为乳白色。
3、成分不同：花椒的主要调味成分是其含有的挥发性的烯类物质，包括柠檬烯、香桧烯、月桂烯、紫苏烯等。胡椒的主要增香调味成分是其含有的植物碱和胺类成分，包括胡椒碱，胡椒酰胺，次胡椒酰胺，胡椒亭碱，胡椒油碱B，几内亚胡椒酰胺，假荜茇酰胺A等。
4、用途不同：花椒在调味品上合适任何食物，尤其是肉类和蔬菜类适量释放，香味浓郁。胡椒主要用在汤食的调味上，常见的鸡汤熟最佳搭配。5、分类不同：花椒主要可分为：大花椒、小花椒、豆椒和青椒。胡椒主要可分为：白胡椒和黑胡椒。
