1、菌种不同：酵母是一种单细胞真菌，并非系统演化分类的单元，而酒曲用的是曲霉。2、用途不同：酵母一般是粉发面用，酒曲是用来做米酒用。3、分类不同：酵母目前已知有1000多种，而酒曲分为麦曲，小曲，红曲，大曲，麸曲五大类。
酵母是基因克隆实验中常用的真核生物受体细胞，培养酵母菌和培养大肠杆菌一样方便。酵母克隆载体的种类也很多。
酵母一种肉眼看不见的微小单细胞微生物，能将糖发酵成酒精和二氧化碳，分布于整个自然界，是一种典型的异养兼性厌氧微生物，在有氧和无氧条件下都能够存活，是一种天然发酵剂。
酒曲又名酒粬，其是在经过强烈蒸煮的白米中，移入曲霉的分生孢子，然后保温，米粒上便会茂盛地生长出菌丝，此即酒曲。
