（1）复制过程需要能量供应以解开双螺旋链
（2）已经解开的单链也可能产生链内碱基配对
（3）一种酶只能催化有限的物理化学反应
（4）复制过程必须设计若干安全保障以防止复制的错误，并纠正已发生的错误（尽管极少）
（5）巨大的DNA分子特别是环形分子给复制带来许多几何学的问题，比如E.coli复制速度为105bp/分，如果DNA模板以此速度解旋的话，则相当于每小时开70英里的汽车引擎转动的速度
（6）对于所有含有双螺旋DNA的生物有机体，并没有单一的可以普遍适用复制的机制。
DNA 半保留复制是：DNA 在进行复制的时候链间氢键断裂，双链解旋分开，每条链作为模板在其上合成互补链，经过一系列酶（DNA聚合酶、解旋酶、链接酶等）的作用生成两个新的DNA分子。 子代DNA分子其中的一条链来自亲代DNA ，另一条链是新合成的，这种方式称半保留复制。
